用户有责任及时通过监测以发现生物污染控制失常的情况。所制定的监测方案必须适合现场应用，适合于特定的设施，适合于规定的条件，并把它列为生产、科研工作质量管理体系的一个组成部分。

值得注意的是，在制定监测计划时都必须考虑到采样工作，其操作应尽可能减少对产品和危险区的污染。

一般来说，在安装和调试新设备时所进行的微生物采样的目的主要是提供可用于将来运行中做对比的原始资料，以及了解所建立的系统和设施的基本性能。对于生物污染控制更看重的是在工作状态下，即在动态条件下的例行监测。因为在采取消毒措施后，空态和静态条件下生物污染物存在的几率相对较低，测试结果说明不了太多问题。例如在例行消毒后，对手术室进行菌落监测，因为室内几乎不存在微生物污染散发源，往往测量值都是零，无从比较不同级别洁净手术室的设备性能。手术进行过程中则完全不同，医护人员因呼吸、动作、行走和进出，散发和带入大量的微生物粒子。因此对手术室这里房间生物污染控制的效果如何，动态检测结构更能说明问题。正因为如此，国外制药行业的GMP或是医院的生物洁净手术室等的国外规范，一般都是以动态的微生物检测值作为评定所达到控制水平的重要依据。