生物无尘车间中经常会进行微生物采样，下面介绍常用的碰撞式采样法，碰撞式采样法是通过设备的空气动力作用，使采样空气通过采样器的夹缝或小碰撞式采样法生高速气流，让气流撞击到带有营养琼脂培养基的采样板上，使悬浮在空气中的微生物在惯性作用下撞击并被捕集到采样板上，经过某恒定温度下一定时间的培养后，根据所生成的菌落及采样空气量计算出每m³空气中所含微生物数量的方法。

较常用的碰撞式采样设备有碰撞式采样器，它是将含有悬浮微生物的空气喷射到装有液体的玻璃容器底面上，然后在液体中捕集微生物粒子的一种方法，故称碰撞式采样法。由于碰撞式采样器的采样量和采样效率较低，并有撞碎活粒子凝块的可能，根据ISO 14698的建议，认为它或许不适合用于悬浮微生物采样。

市面上出售的碰撞式采样器通常在装置中注入20~30ml液体培养基，用12.5L/min的流速吸入采样空气，吸入一定时间后，从底部的流出口取出捕集液，再用灭菌、消过毒的薄膜过滤器过滤和捕集微生物，经过培养后计数，也可以不用滤膜过滤浓缩，而用其他适当的方法直接培养捕集液。

由于捕集液的培养基会产生很多气泡，所以要放入消泡剂。另外碰撞式采样器在采样之前必须在121℃的温度下灭菌15min，因此这种方法对需要多次采样的情况来说未必方便。

碰撞式采样器捕集悬浮微生物粒子的特性，由喷嘴喷出的射流撞击特性决定，所以射流速度与地面之间的距离显得非常重要。