洁净洗衣房是专为无尘车间中洗涤无尘服建造的，洁净洗衣房有一个脏衣区，用于接纳脏衣服并对其进行分类，鞋套要挑出来，以使交叉污染的可能降至最小。一些可能沾染上化学品或有毒污染物的无尘车间单独进行处理，以防沾染到其他无尘服。

然后，就可以将服装送入双侧开门的洗衣机。脏衣服从洗衣机的一侧放入，洁净得服装从位于洗衣机另一侧的叠衣区取出。洗衣机中使用的水是经过处理的纯净水也有使用干洗的。服装洗好后从洗衣机中取出时，服装处在叠衣区中。叠衣区中工作的人员也应穿无尘服，对其进行检验，看是否有开线或破损之处。然后，将无尘服折叠好放入洁净得袋中。这些洁净袋经密封后通过传递窗从叠衣区进入包装区，准备发放。

如果要求服装不带有微生物，则还必须对服装进行灭菌或消毒。灭菌即杀灭所有的微生物，可通过加热、熏蒸或辐射的方法，但这些方法中没有一个是完全令人满意的。使用压力釜会在服装面料上造成大量皱纹并使服装面料加快老化，而灭菌气体如环氧乙烷对服装的损害较小，但是毒性气体会残留在服装中，还必须对服装进行脱气处理。

伽马射线是一种常用的灭菌方法，但它会使服装变色，有时也会损坏服装。洗涤服装时加入消毒剂是另一种方法。这种方法比较经济，但一些微生物或其残骸可能会残留在服装上，所以这种方法有时可能不适用。

通常 是通过对服装表面的粒子进行计数，来检验无尘服清洗工艺的有效性。一般是在叠衣区对样品进行测试，所使用的测试方法是根据美国材料测试学会的F61标准或用滚筒式干燥机测试。