洁净空调系统的空调箱加湿器的选择在前面已经陈述过了，但要考虑空调箱系统所用的空调箱内壁要可以消毒。

洁净空调系统空调箱功能锻数要多于普通空调系统，而且维护保养的要求也比较高，例如初、中效过滤器需要经常更换。空调箱内壁要清洁、消毒，所以空调箱的长度也比普通空调系统的空调箱长。为了节省空调机房的面积，在满足使用功能的前提下，应尽可能使结构紧凑。

洁净空调系统中化学过滤器应根据生产过程中所产生废气的性质和废气的量来确定化学过滤的种类，防止洁净空气循环次数多而使废气的浓度越来越高。洁净空调箱在新风入口段是否要设置化学过滤器，要根据工程所在地的大气环境来决定。如电子厂房设置在海边，海水蒸发会使空气中的氯、钠离子数量增加。若不作处理，离子进入无尘车间会对产品造成影响，就应该在新风入口处设置化学过滤。

洁净空调系统选用空调箱风机时要考虑到洁净空调系统的风阻力比一般空调系统要大，因为有初、中、高效三级过滤而且阻力变化也很大。初、中、高效三级过滤器从初阻力一直到终阻力的阻力叠加数值占整个洁净空调系统总阻力的比例很大，因此空调箱应该选用变频风机，这里选用变频风机不是为了改变洁净系统的送风量，而是为了适应初、中、高效过滤器的阻力变化。全新风洁净空调系统中，若因工艺发生变化造成排风量的变化，为了保证室内的正压值不变，可以通过送风机的变频来相应改变送风量。